粵港澳大灣區城市群發展，統籌協調三地是一大挑戰。相比長三角（以上海、江蘇、浙江為主的長江三角洲地帶）、京津冀，粵港澳政治、經濟方面存在差異；地域間制度多樣性、互補性給合作帶來共同利益，亦可能產生矛盾。
如何規避摩擦？和早期僅將香港製造業移至珠三角（珠江三角洲地帶）不同，大灣區建設中的粵港澳合作勢必升級，具更高端價值的香港服務業進入內地，一方面需要內地產業結構優化，另一方面則需政策主導、協調。
內地總體上越來越開放，但一些港人卻說‘大門開了，小門沒開’。港澳與廣東在具體政策、法規、標准上存在差異，實際操作中往往會遇到問題。大量高端人才進入珠三角即面對一系列就業、就學、醫療、養老問題，中央及地方可適時出台政策，相關部門也需進行疏導、指引，社會多方應幫助人才落地。
打造粵港澳大灣區城市群，將三地合作從經濟領域延展至社會、民生領域，多部門、多地區面對更複雜、更多樣情況，需要創新思路。